La estructura del SRVSOP tiene como máximo organismo de decisión a la Junta General; quien determina las actividades y políticas del SRVSOP; y estA? conformada por los Directores Generales de Aviación Civil de sus Estados Miembros.
La administración del SRVSOP se articula a través de un proyecto de cooperación técnica regional de la OACI. El Director de la Oficina Regional Sudamericana de la OACI en Lima, sede del SRVSOP, es el Coordinador General; y es quien administra y vela por la ejecución de lo indicado por la Junta General.
